Supplementary Table S1.  The SNP IDs, chromosome positions, and flanking sequences for the seven rice VeraCode SNP sets for the BeadXpress platform
OPA Name	SNP ID	Chrom.	MSUv6 Position (bp)	MSU6.0_position_corrected	Flanking sequence
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GS0011897-OPA	id1007048	1	9422580	9422580	CGTGGAGGAGAGCATTGAAGCATTGCAACTTGGCTTGTGGCATTTGGAAGGAAAGACTCC[T/C]AGATCACAAGCAGCCATCGACAAATCTAGATGGCATGGAGGGCTGATCCGCACCATGTCC
GS0011897-OPA	rd1000095	1	10021161	NA	TTACCAAAGCATCTTCACCGAAAACACTCTTTGCATAAAGGTTAGCGGCGAGAAAACCGCATTCTCCGTCAAGCGCAGACCTGGCATAAGGTTTATGAATTAGAAGAGTGATTAACCCTATTATTAATATGACAAGTAGTGGAATGTACGGGACAACAGTTTTCCAGTTATCTGGCTAACACGATGCTGTCGCATCACAA[T/G]CAGTTGTTCGAATGCATGTTTACTTCAAAATCACAAGTAACTAATTCATTGATTCACACAGTTGCTTGCACTGCAATATAGTAAAACATTGCTTGACAACATGGGTATTGCTATCCATGCATGGGCATTGACAGCATATGGGAAGGATATCAAACACGACTAAAAGTTGATGGTTGGAATGAAATGTTATCCAGTTCTTC
GS0011897-OPA	id1007933	1	11020446	11020446	TTGATTATTTCGCAGTAATATCATACAATTCTACTTGATTCCCTTTTTTCACATGGTCAT[T/G]CAGGTTGATCAGGTTATTTATCGGTGCCATCTATTTGTTGTTATCCTGGTAATCTACTAT
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GS0011897-OPA	rd1000152	1	15933344	NA	TCACCCACCCAGCTTTTCATTGAAAGTATAAGAGTTCATACAGTGCAAAAAGGAACAAAGGTAAAATAAAAGGAAAGTAAAAATCCCAAGTCCTGCGTACAAATCTATAGTTCAAGACATACACATCGCCTTCCAACCGAGGTCGAGTTGCCCCGGTGCCATGTCTTATTCGTGGAATTCTATGTCCAAGTGCATACTTT[A/G]CGGGGGTAAAATTTTCTACACGTATGTTGCCAAAATTTCTGCTAAGTTTTTCGTGGCCAACTCGAGAAAATTCTTACACAGCCAGTCTATAAATACTCACACATTTCACAAAAAAATACTTGCAACATCAAAGCTACACAGGTAGAATCATCGACCGTAAGTAAGTACTACTCCTACGTACATTAAGTGTGAGCTTGATT
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GS0011897-OPA	rd1000189	1	19682473	NA	CCAGCTTACCAGTTTTTTCTTTATTAAATTATTGCAAACTTTACAGACAGTTCGCATTTGGCAAGAGAGCGAGGGTGGAAAATATAATTGCATCCACACATTGAAAGATCATACTGCTGAGGTTAGTATTCATATGATCTCACTTCTATATTGATCTTTATTTCATTTCATTACTGGTGAACATCTGCAGCAACTGAAGA[A/G]CAAATTGCATTGAAGCTCATCTGTGTGCACCAAGCCTTGAAATAAATTTGCTATCTATTTTTTTGCTGAAAAATAGTATAGAAGTTTATAGTTGTGCACTTGTGCTAGAAGTAGGATGTTGAATTGTGATGAACTAACTGCGGCAATCTGCAGATACCTGATCAGTAGTAGGTACTAGGTAGAAGAATGTACCTTTATAT
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GS0011897-OPA	id1028360	1	42976209	42976209	CTCATCAAGCTGTGTGGAAATTTTCGCATCTGGTGATATTCAGGAAGAGCCATTTTTCAC[A/G]ACGTCAGGCAGATTACATACCTAAGCAATGTGCATAATGATTCTATAGCACCCGTATGTG
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